2017年、夏。12年ぶりに予選1回戦を突破し念願の“夏に一勝”を手にした越山高校野球部は、続いて迎えた2回戦も強豪・伊賀商業相手に善戦。しかし楡（生田俊平）のミスからペースが崩れ、惜しくも敗北を喫する。勝てた試合を逃したショックから立ち直れず、燃え尽き気味の部員たち、そして反省から熱を出して寝込んでしまう山住（黒木華）･･･。
そんな中「一勝したら戻ってきてほしい」という部員たちとの約束にこたえ、南雲（鈴木亮平）が監督に復帰することに！ 美香（井川遥）も東京から戻ってくるなど力強い援軍も得て意気込む南雲は、落ち込む部員たちを奮い立たせて実戦経験を積ませるべく、次々と他校との練習試合を組んでいく。しかしその頃、予選敗退以来部活を休み続けていた楡の身に、ある問題が起こっていた。
さらに犬塚（小日向文世）と丹羽（小泉孝太郎）は、南雲の監督復帰を快く思っておらず･･･。