南雲（鈴木亮平）が監督に復帰して1年。越山高校野球部は“日本一の下剋上”を目指し、夏の大会で34年ぶりにベスト8に進出していた。地元の後押しを受けて準々決勝も突破した部員たちだったが、どこか緊張感を欠いており、南雲と山住（黒木華）は不安な思いを抱えていた。
迎える準決勝で対するは賀門（松平健）率いる強豪・星葉せいよう高校。南雲にとっては教員免許の一件以来決別した賀門との師弟対決。甲子園出場へ重要な一戦の先発に、南雲はエースの翔（中沢元紀）か、成長著しい根室（兵頭功海）にするかで頭を悩ませていた。
そんな中、練習中に山住に打球が直撃するアクシデントが起こる。動揺する部員に、山住は「南雲にはこのことを言わないように」と釘をさすが･･･。