ブルーウォーカー・太田（飯沼愛）の協力で、テントのサーバーからある重要な情報を得ることに成功した乃木（堺雅人）たち。そんな中、乃木、黒須（松坂桃李）をはじめとする6名の“別班”精鋭部隊が、司令・櫻井（キムラ緑子）の下に集結した。目的は、テントの最終標的である日本での犯行を未然に防ぐこと。そこで乃木は別班メンバーに、テントのリーダー・ベキ（役所広司）が自身の父であり、元公安の警察官だったと打ち明ける。
徐々にテントへと近付いていく乃木たち別班、そして、チンギス（Barslkhagva Batbold）と手を組み、乃木を徹底的にマークする野崎（阿部寛）たち公安。テントの真相を暴き、日本を守るのはどちらか——。