ジョギング中の皆実（福山雅治）と吾妻（今田美桜）は突然倒れ込んだ男性と遭遇。その後、病院でその男性の死亡が確認される。
外傷はなく事故死と見られていたが、皆実は違和感を覚え、病理検査を依頼し、死因が毒物によるものだと判明。さらに遺体の手には謎の紋章が刻印されていた。
心太朗（大泉洋）の調べで同様の犠牲者が3人いることがわかり、全員に共通していたのが国家規模の事件に絡む要人だということだった。公安・捜査二課とも連携した大掛かりな捜査が始まる。

一方、皆実たちは、被害者の妻に話を聞きにいく。
そんな中、泉（永瀬廉）が、吾妻を事件から外すように皆実にお願いしてくる。その理由は、吾妻がずっと心に傷を抱え続けている過去のある事件によるもので…